Según el Acuerdo 002 de 14 febrero de 2002, se institucionalizó el programa Semilleros de Investigadores en la Universidad Popular del Cesar. Con el fin de fomentar e incentivar la vinculación de los estudiantes a los semilleros, se creó el Acuerdo Nº. 009 del 02 de julio de 2010 por medio del cual, se otorgan estímulos a los estudiantes pertenecientes a los Semilleros de Investigación de la Universidad Popular del Cesar, con el objetivo, de exonerar del 80% de la base de la matrícula, a los estudiantes pertenecientes a los Semilleros de Investigación de la Universidad Popular del Cesar.
El programa de Ingeniería de Sistemas cuenta con Ochos (8) semilleros adscritos a los grupos de investigación del mismo, permitiendo incorporar los estudiantes a partir los primeros semestres, una vez hayan cursado la asignatura Metodología de la Investigación.
En la siguiente tabla se relacionan la producción investigativa de los semilleros de investigación del programa, representada en proyectos de investigación, ponencias nacionales e internacionales y artículos científicos en los últimos cinco años:
Resultados investigativos de los semilleros de investigación
| SEMILLERO | NRO.ESTUDIANTES | NRO.PROY INV. | PONENCIAS | ARTICULOS |
| INVECASOFT | 11 | 5 | 18 | 4 |
| SOSER | 7 | 6 | 6 | |
| RETEAITICE | 5 | 1 | ||
| CIGESC | 4 | 1 | 6 | |
| G-TEL | 4 | 1 | ||
| INCLUTICS | 2 | 1 | 2 | |
| SISE | 2 | 1 | 1 | |
| TECNOTIC | 2 | 1 | ||
| TOTALES | 37 | 17 | 33 | 4 |
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